Город Александров был образован в связи с образованием Владимирской Губернии в 1778 году из Александровой Слободы. К этому времени население его составляло до 30 тысяч жителей. Точных сведений о начале появления Александровой Слободы не имеется. Ранее 16 века она не встречается в истории России. Лишь во времена Ивана Грозного Александрова Слобода получила громкую и страшную известность.С 1545 года бояре после Троицкого богомолья тешили своего царя охотою. Здесь в 1565 году создавалась опричнина. Царские опричники «начали в Слободе дворы ставить и избы разрядные». Царское жилище окружено было рвом и валом. При Иване Грозном в слободе воздвигнуты были 3 церкви. В обширных подвалах Успенского Храма разместили узкие темные камеры, в одной из них долго хранился стул с прикованною к нему железной цепью и железным ошейником. Вероятно, эти камеры служили местом пребывания колодников. Из древних законодательных памятников мы узнаем, что арестанты сидели в кандалах, оковах, а то и в колодах. Применялось и приковывание на цепь к стене или к стулу. Целых 17 лет (время пребывания на российском престоле Ивана Грозного) Александрова Слобода наводила ужас на Россию.Обозревая города Владимирской губернии, Губернатор Лазарев 24 сентября 1793 года рапортовал генерал-губернатору И.А. Заборовскому: «Колодников в содержании в Покрове – 1, в Переславле – 3, в Юрьеве – 3». В городе Александрове колодников не оказалось. В 1803 году, в справках о колодниках по уездным городам г. Александров не значится. В этом же году в губернии решался вопрос о строительстве в шести уездных городах новых острогов, но так как г. Александров с 1796 по 1804 год был безуездным, то это мероприятие его не коснулось. 8 октября 1835 года в городе Александрове был открыт Уездный Тюремный Комитет.В городе Александрове работы по пристройке к тюремному замку начались только в 1852 году. 9 августа помощник архитектора Рейм сообщал во Владимирскую губернскую Строительную Комиссию: «Честь имею донести, что работы по устройству отдельных камер для следственных арестантов при тюремном замке в г. Александрове в течение июля месяца не производились и материалы для производства работ не были выставлены, а от местной Градской Думы я не мог получить точных сведений о времени начатия работ и поставке материалов». 2 декабря 1854 года он рапортовал: «Честь имею представить в Комиссию сдаточную опись зданию отдельных камер для следственных арестантов при тюремном замке в г. Александрове и донести, что вновь устроенное здание может быть занятым по принадлежности».В 1942 году тюрьма значится как общая тюрьма № 6 УНКВД Ивановской области. Начальник тюрьмы – сержант госбезопасности Данилов Михаил Петрович, 1912 года рождения. В документах значится, что в 1942 году произведен капитальный ремонт тюремных корпусов и построено бомбоубежище. С 1958 года тюрьма значится как тюрьма № 6 УВД Владимирского областного совета депутатов трудящихся Владимирской области, с июня 1959 года - тюрьма № 6 ОМЗ УВД Владимирского облисполкома, с 1961 года - тюрьма № 4 ОМЗ УВД Владимирского облисполкома.
В 1961 году сотрудникам Александровской тюрьмы пришлось выдержать тяжелое испытание. После массовых беспорядков в Рыбинске и Муроме, вызванных неправомочными действиями милиции, когда были разгромлены отделы милиции, в Александрове случилось то же самое. Поводом послужило то, что милиционеры задержали солдата, видимо избили его, после чего тот скончался. Толпа, собравшаяся на центральной площади, нахлынула на районный отдел милиции и полностью его разгромила. Затем настала очередь тюрьмы. Люди, охваченные только одним желанием - громить и разрушать, решили освободить содержащихся в камерах заключенных, подстрекателей для этого хватило. Сотрудники уголовно-исполнительной системы проявили мужество и стойкость: никто не смог проникнуть внутрь, и тюремный замок выстоял с честью.
В 1964 году Александровская тюрьма стала следственным изолятором.
Сегодня ФБУ СИЗО-2 – следственный изолятор с лимитом наполнения 139 человек. В последние годы в учреждении проводится капитальный ремонт практически всех жилых и хозяйственных помещений. Основные работы идут в режимном корпусе и хозяйственном блоке режимного корпуса. В надлежащее состояние были приведены следственные кабинеты, дежурная часть, комната отдыха дежурной смены, комната свиданий, было завершено строительство питомника для служебных собак, отремонтирована комната для хранения оружия. В августе 2008 года была освящена часовня в честь святого чудотворца Николая Мирликийского, которая расположена в тюремном корпусе. Ее могут посещать осужденные из хозобслуги и все арестанты. Находящиеся в неволе люди могут исповедоваться, причаститься и просто облегчить душу.
Сейчас учреждение преображается буквально на глазах. С 2007 года вся уголовно-исполнительная система области работает над реализацией Программы развития Следственного изолятора № 2 города Александрова.